本中心隸屬於臺北市政府社會局，為本府二級機關，置主任及副主任， 下設專線及救援組、兒童少年保護組、性侵害保護組、成人保護組、綜合規劃組、行政組、會計室、人事室、政風室、 暴力防治組、醫療事務組及教育輔導組，組織架構圖如下：
主任及副主任室 包含主任、副主任。
組室業務職掌
| 組別名稱 | 連結 | 相關業務 | 備註 |
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| 專線及救援組 | ↗ | 二十四小時保護專線受案、派案及追蹤聯繫。
二十四小時緊急救援規劃協調及諮詢服務等項。 |
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| 兒童少年保護組 | ↗ | 兒童少年保護個案危機處遇、調查、評估、個案管理及相關服務事項。 |
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| 性侵害保護組 | ↗ | 性侵害保護個案危機處遇、調查、評估、個案管理及相關服務事項。 |
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| 成人保護組 | ↗ | 成人保護個案危機處遇、調查、評估、個案管理及相關服務事項。 |
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| 綜合規劃組 | ↗ | 規劃整合年度工作計畫、建構服務網絡、發展服務方案、法制、宣導、研考等業務及不屬於其他各單位事項。 |
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| 行政組 | ↗ | 文書、檔案、出納、總務、財產及場館之管理，採購、捐款徵信、捐物管理、防疫、資訊相關業務等。 |
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| 會計室 | ↗ | 依法辦理歲計、會計及統計事項。 |
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| 人事室 | ↗ | 依法辦理人事管理事項。 |
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| 政風室 | ↗ | 依法辦理政風業務事項。 |
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| 暴力防治組 | ↗ | 協調警察機關辦理二十四小時緊急救援、危機處遇、保護令聲請及執行、加害人追蹤及檔案證物管理及暴力防治教育訓練等事項。 | 警察局兼任 |
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| 醫療事務組 | ↗ | 協調醫療院所辦理二十四小時緊急診療、驗傷、採證等事項。
協調衛生機關整合被害人診療、身心復健資源網路、加害人身心治療服務及教育訓練等事項。 | 衛生局兼任 |
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| 教育輔導組 | ↗ | 協調教育機關督導公私立各級學校及幼兒園針對疑似家庭暴力及性侵害案件之通報、對遭受家庭暴力及性侵害兒童少年入轉學之協助、教師輔導研習及學生之防治宣導之辦理等事項。 | 教育局兼任 |
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